Las virtudes y cualidades de las aguas termales de los Baños de la Concepción son reconocidas desde antaño; fueron declaradas de utilidad pública en 1845 pero los primeros escritos que avalan sus beneficios se remontan a 1798, año en que el Sr. Marqués de Villatoya construyo las primeras balsas de baños.
Aunque anteriormente, en el año 1786, Fray Benito Marco, franciscano del convento de Mahora anuncia la importancia medicinal demostrada por las aguas de Villatoya y destaca en un mapa plano de la comarca con precisión los manantiales de Toya.
En 1814, ante la amenaza de ruina, se hicieron reformas en la estructura, se abovedaron y pavimentaron los aposentos y se levantaron unas sillerías que sirvieran de asiento y reposo a los bañistas antes de salir al exterior.
Posteriormente, en 1816, se instaura el reglamento sobre establecimientos balnearios que instaba a la creación de un cuerpo de médico-director:
«en cada uno de los baños más acreditados del reino se establezca un profesor de suficientes conocimientos de las virtudes de sus aguas y de la parte médica necesaria para saber determinar su aplicación y uso». En palacio a 29 de junio de 1816.
En el año 1856, se mandó edificar al ingeniero Antonio Ruíz de Salces algunas dependencias adyacentes para albergas los carruajes y las caballerías. Un gran espacio ajardinado rodeaba almacenes, tienda de comestibles, cuadras y graneros, …En ese mismo año una nueva ermita fue levantada para atender al servicio espiritual de los asistentes al balneario.
Desde aquellos años a nuestros días, miles de visitantes han disfrutado de los beneficios de esta medicina natural que ya se proclamaban en la antigua Roma.
En 2006 recibió la certificación oficial de la Q de calidad turística.
